Este equipo surgió en el torneo del año de 1997-1998, acompañado de una ardiente fanaticada y precedido de éxitos en las categorías menores de baloncesto.
San Francisco logró, en sólo seis años, obtener lo que a muchos equipos les ha tomado décadas: un título de Campeón. Realizó esta hazaña en la campaña del 2002- 2003 contra el equipo de Savica, en una de las más emocionantes series finales, la cual se extendió al máximo de siete encuentros; el último de estos, con una de las más grandes asistencias a un juego de baloncesto, donde incluso había fanáticos trepados en las torres del alumbrado de la Cancha Luciola Pión.
Entre las principales personas que han tenido las riendas a nivel direccional del Club como directivos se destacan Otilio Pérez, Juan Manuel Henríquez, Isaac Canela, Jairo Mejia y el doctor Andy De León. Este último, en su rol de presidente, tuvo la voz cantante del equipo en los años de 2000 al 2004, teniendo en este período el Club de San Francisco su pase a tres series finales y un título de campeón. Como dirigentes de los equipos superiores, ha sobresalido Joelny Santana, quien los guió a dos series finales en 2003-04 y 2004-05; y, quien dirigió durante el evento 2000-01 y 2002-03, en este último, lograron el título de campeón; así como Leandro Canela, que los guió hasta la final en el 2009-10.
Por motivos internos, el equipo no participa en el evento 2008-09, y regresa a la competencia en el 2009-10, donde llegan a la serie final contra el equipo de Yuma.
Los miembros principales del equipo campeón del 2002-03 fueron: Juan Carlos Cedano, Amauris Guerrero, Jairo Herrera, Willy Pérez, Alberto Bautista, Johnny Acosta, Amauris S. (Leche) y Máximo Rosario, y como refuerzo, Ramón Miranda. Wascar Castellanos fue el dirigente, asistido por Cristian Herrera.
